1909
Högsta förvaltningsdomstolen, som förut hette Regeringsrätten, inrättades i syfte att minska regeringens arbetsbelastning och för att uppnå ökad rättssäkerhet för enskilda. Domstolen skulle bestå av sju regeringsråd, av vilka en ledamot skulle tjänstgöra i Lagrådet. Regeringsrättens kompetens framgick av en uppräkning av mål i 1909 års lag om Kungl. Maj:ts regeringsrätt. Antalet ledamöter i domstolen har skiftat över åren.
1958
En fullföljdsbegränsning beträffande skattemålen infördes genom att krav på prövningstillstånd uppställdes i vissa fall.
1972
Domstolen blev även administrativt fristående från regeringen med en egen kansliorganisation och egna beredande tjänstemän. I samband med förvaltningsrättsreformen infördes krav på prövningstillstånd i flertalet mål i Högsta förvaltningsdomstolen.
Domstolen flyttade in i egna lokaler i Stenbockska palatset och Riksens ständers hus på Riddarholmen.
1975
Genom 1974 års regeringsform upphörde domstolen att döma i kungens namn. Därmed upphörde också bruket att domstolens domar och beslut meddelades på Stockholms slott.
1988
Institutet rättsprövning infördes enligt vilket domstolen prövar om bl.a. regeringens beslut i vissa förvaltningsärenden strider mot någon rättsregel.
1992
Möjligheten att en ledamot ensam kan avgöra frågor om prövningstillstånd infördes tillsammans med andra lättnader av kraven på domstolens sammansättning i vissa mål.
1995
Socialförsäkrings- och bidragsmål, som tidigare tillhört Försäkringsöverdomstolens kompetensområde, överflyttades till Högsta förvaltningsdomstolen i samband med att Försäkringsöverdomstolen avskaffades.
Genom Sveriges inträde i EU fick domstolen en delvis ny roll som en av garanterna för att gemenskapsrätten tillämpas korrekt inom landet. De flesta frågor som regleras på europeisk nivå faller nämligen inom förvaltningsrättens område.
2011
Efter ett riksdagsbeslut bytte Regeringsrätten namn till Högsta förvaltningsdomstolen den 1 januari 2011. Syftet med namnbytet var att det nya namnet skulle spegla domstolens verksamhet som oberoende högsta domstol i förvaltningsmål. I samband med domstolens namnbyte fick domarna i Högsta förvaltningsdomstolen titeln justitieråd.
Domstolen fick rätt att själv besluta om hur många ledamöter som ska avgöra vissa mål och ärenden.
2012
Vid årsskiftet 2011/2012 flyttade Högsta förvaltningsdomstolen in i nyrenoverade lokaler på Riddarholmen i Stockholm. Lokalerna är förlagda till de sammanfogade byggnaderna Sparreska palatset och Kammarrättens hus, Birger Jarls torg 13.